生物合和物 - 评估和验证生物医学科学计算的一步

抽象的

由于众多的环境和程序因素，实际物理，化学和生物实验的不可预测性得到了充分的记录。然而，系统忽略的是计算生物学算法也受到多个参数的影响，并且没有较小的波动性。计算协议和结果解释的复杂性只是挑战的一部分：几乎没有标准化和行业接受的元数据模式，用于报告记录用于计算的参数的计算对象以及计算结果。因此，由于缺少关于应用程序启动的参数，版本，参数，条件和过程的信息，通常不可能再现先前执行的计算结果。在本文中，我们描述了专门开发的生物化合物对象的概念，以满足对生物信息化管道的评估，验证和验证的监管性研究需求。我们设想称为的普遍版本的生物化合物biocompute模板支持单一的分析，但可以适应满足独特的需求。为了使这些模板可广泛使用，我们概述了一个简单但强大的跨平台实现。我们还通过创建最初由与美国食品和药物管理局相关的记录组成的生物化合物对象数据库来讨论更大科学界内这些概念的推理和潜在可用性。生物化合物对象数据库记录将类似于格式的GenBank记录;差异是，而不是描述序列，生物编译记录将包括与参数，依赖性，用法和与特定计算实例相关的其他信息有关的信息。这种机制将延长类似的努力，也可以作为合作场所，以确保不同平台，行业，科学家，监管机构和对生物汇力感兴趣的其他利益相关者之间的互操作性。